Osasun-ikerketako institutu hau, Euskadiko lehena, 2008. urtean sortu zen, Osakidetzaren eta BIO Fundazioaren arteko hitzarmenaren ondorioz. Euskal Herriko Unibertsitateak ere parte hartzen du institutu honetan, baita INBIOMED, VICOMtech, CIC Microgune, CIC Biomagune eta CIC Nanogune ikerketa-zentroek, Osasun Publikoko Zuzendariordetzak, Osatek-ek eta INGEMA Fundazioak ere. Halaber, Gipuzkoako Foru Aldundiaren eta Donostiako Teknologia Parkearen (Miramonen) partaidetza du. Julio Arrizabalaga da zentroaren zuzendari zientifikoa.
Biodonostiak sei ikerketa-eremu ditu gaur egun [Neurozientziak; Gaixotasun digestiboak, kardiobaskularrak eta beste gaixotasun sistemiko batzuk; Gaixotasun infekziosoak; Epidemiologia eta osasun publikoa; Medikuntza biziberritzailea eta Bioingeniaritza]. Eremu horietako bakoitzean ikerketa-talde askok egiten dute lan, eta garatzen dituzten programek hainbat azpiprograma dituzte barnean. Guztira 200 profesional inguruk hartzen dute parte nazio eta Europa mailako proiektu ugaritan. 2010. urteko azken hiruhilekoan inauguratzea espero da.