Construida sobre la estructura central del primitivo Hospital Provincial, fue inaugurada el 15 de agosto de 1960 por el Jefe del Estado, Francisco Franco, cinco meses después del Hospital Provincial. Inicialmente tuvo una dotación de 650 camas, distribuidas en cuatro plantas. Los primeros pacientes -mujeres y niños ingresados en la maternidad de Ategorrieta- fueron trasladados el día anterior. Este centro -dependiente del Insalud cuyo primer director fue el doctor Alfonso Ugalde- sustituyó al Hospital de Manteo.
Desde 1975 este centro tiene acreditación docente. En 1985 se construyó en la parte trasera el edificio materno-infantil, al que se trasladaron los servicios de pediatría, ginecología y obstetricia de los dos hospitales generales. El centro se integró en la red sanitaria vasca con el decreto de transferencias de 1987. En la década de los 90 pasó a denominarse Hospital Arantzazu.