Primer Instituto de Investigación Sanitaria de Euskadi creado en 2008 como fruto del convenio entre el Servicio Vasco de Salud-Osakidetza y la Fundación BIO. Participan también la Universidad de País Vasco y los centros de investigación INBIOMED, VICOMtech, CIC Microgune, CIC Biomagune y CIC Nanogune, así como la Subdirección de Salud Pública, Osatek y la Fundación INGEMA. Participan también la Diputación Foral de Gipuzkoa y el Parque Tecnológico de San Sebastián (Miramón). El director científico del centro es Julio Arrizabalaga.
Biodonostia cuenta en la actualidad con seis áreas de investigación [Neurociencias; Enfermedades digestivas, cardiovasculares y otras enfermedades sistémicas; Enfermedades infecciosas; Epidemiología y salud pública; Medicina regenerativa y Bioingeniería]. En cada una de estas áreas trabajan varios grupos de investigación que desarrollan distintos programas que incluyen, a su vez, subprogramas. Hay en total cerca de 200 profesionales participando en numerosos proyectos a nivel nacional y europeo. Su inauguración se prevé para el último trimestre de 2010.