Gaur egun Euskal Autonomia Erkidegoko osasun-zentro handienetako bat da. 2001. urtean sortu zen, Zorroaga Gainean aurretik zeuden ospitale hauek bat egitearen ondorioz: Amara (Toraxeko Gaixotasunen Ospitalea zena), Arantzazu (garai bateko Arantzazuko Ama Gaixotasunen Nahitaezko Aseguruaren Ospitalea) eta Gipuzkoa (lehengo Ospitale Probintziala).
Hiru zentroak Osakidetzaren sarearen parte dira 80ko hamarkadaz geroztik. Bateratze-prozesua 1995. urtean hasi zen. Prozesuaren ondorioz sortu zen lantaldeak (sendagileek, erizainek eta zuzendaritzakoek osatuak) “Donostiako Ospitale Publikoentzako Plan Estrategikoa” egin zuen. Hiru zentroen egitura, antolaketa eta funtzionamendua herritarrak artatzeko egokienak ziren edo, aitzitik, ospitale horiek hobetu zitezkeen jakitea zen helburua.
Bateratze-prozesuan eman zen lehenengo pausoa hiru zentroak elkartzeko zubi bat eraikitzea izan zen (1996). Donostiako Ospitale Konplexua urtebete beranduago sortu zen (1997. urtean), eta laborategi bateratua [“Donostiako Laborategi Bateratua”], hurrengo urtean (1998an). Hiru urte eskasetan laguntza-zerbitzu orokorrak eta zerbitzu tekniko orokorrak elkartzea lortu zen. Gainerako zerbitzuak pixkanaka sartu ziren proiektuan.
2010. urteaz geroztik farmazia bateratua du, baita larrialdietako kirurgia-bloke berria ere. Biodonostia Institutua 2010. urtea amaitu aurretik inauguratuko da, aurreikuspenen arabera.